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Tools
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BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) ist ein Bündel von Programmen, die Ähnlichkeiten suchen und dazu entwickelt wurden, alle verfügbaren Sequenzdatenbanken zu durchsuchen, egal ob es sich um DNA oder Proteine handelt. Die Punktwerte, die bei einer BLAST-Suche zugeordnet werden, haben eine genau definierte statistische Bedeutung. Das bewirkt, dass eine wirkliche Übereinstimmung leichter von zufälligen “Hintergrundtreffern” zu unterscheiden ist ( Altschu h et al. 1990). Die einfachste Art, BLAST zu benutzen, ist über das Web. Die Benutzer können einfach Ihren Browser auf die Homepage des National Center for Biotechnology Information (NCBI) richten und von dort aus einen Link mit den /BLAST -Seiten durchführen um eine beliebige Anzahl von verschiedenen Suchvorgängen durchzuführen. Der ExPASy molecular biology WWW Server des Schweizer Instituts für Bioinformatik (SIB) widmet sich der Analyse von Proteinsequenzdaten und deren Strukturen. Er bietet eine riesige Bandbreite von Online-Diensten an wie: Zugang zu wichtigen Datenbanken, Zugang zu Tools und Softwarepaketen und Links zu molekularbiologischen Hilfsmitteln. Mit einem der Tools kann man DNA in Proteinsequenzen übersetzen. ClustalX ist ein Programm, das mehrere DNA- oder Proteinsequenzen ausrichtet und dabei mit Fenstern arbeitet. Man kann Sequenzen ausschneiden und einfügen, um die Reihenfolge der Ausrichtung zu ändern, man kann eine Untergruppe der auszurichtenden Sequenzen auswählen, man kann einen Unterbereich der ausgerichteten Sequenzen auswählen, um ihn erneut ausrichten zu lassen und diesen dann wieder in die ursprünglichen kompletten Sequenzen einfügen. Treeview Treeview ist ein Programm, das phylogenetische Stammbaumdateien erzeugt, etwa aus Dateien des Ausrichtungsprogramms ClustalX. Mehr Information finden Sie in die Treeview Manual. |