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Die Prä-mRNA-Moleküle der Eukaryoten werden während der Transkription an beiden Enden von Enzymen chemisch abgewandelt (modifiziert). Die Modifikationen bleiben in der fertigen mRNA erhalten:
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Am 5’-Ende wird schon zu Beginn der Transkription eine Cap-Struktur angefügt (engl. cap = "Kappe, Hütchen"). Sie besteht aus einem abgewandelten Molekül der Verbindung Guanosintriphosphat (GTP) und dient als Erkennungszeichen für die Ribosomen, die sich an die mRNA heften.
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Am 3’-Ende wird ein Poly(A)-Schwanz aus über 150 Adeninnucleotiden synthetisiert. Er ist von großer Bedeutung für die Stabilität der mRNA.
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