Das Bakteriengenom





Nachwort zu Lerneinheit 3:
Umsetzung von Gen- in Proteinsequenzen

Antwort zu Frage 1
Antwort zu Frage 2
Antwort zu Frage 3
Antwort zu Frage 4
Antwort zu Frage 5
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Antwort auf Frage 3:
3. Rufen wir einmal einen kleinen Teil der DNA-Rohsequenz aus der TIGR Seite für Einzelpositionen und Abschnitte ab. Die Basen sind von 1 bis 580070 durchnummeriert. Zunächst suchen wir den Anfang des Gens MG042, von dem zuvor bereits die Rede war. Wir müssen der Datenbank mitteilen, dass wir die DNA-Sequenz zwischen zwei von uns ausgewählten Positionen abrufen möchten, und aus der Dokumentation für MG042 wissen wir, dass das Gen an der Position 49841 beginnt. Geben wir die Positionen 49821 und 49861 ein, so finden wir jeweils 20 Basen beiderseits des Startcodons. Achten Sie darauf, dass Sie die unten aufgeführten Einstellungen genau übernehmen, und drücken Sie dann auf "Abschicken".

Schreiben Sie hier Ihre abgerufene DNA-Sequenz auf:

TTGAAAATTAAGTATTTAAATTGAACGAACATTCTTTAATT
Das vorausgesagte Startcodon TTG befindet sich genau in der Mitte dieser Sequenz.

Vergleichen Sie jetzt diesen Abschnitt mit der Sequenz am Anfang des Gens MG042, den Sie oben in Schritt 1 herausgesucht hatten:

5'-ttgaacgaacattctttaatt-3'..
Die letzte Base des Gens MG042 befindet sich in der Position 51517. Suchen Sie mit Hilfe der Seite für Einzelpositionen und Sequenzabschnitte die DNA-Sequenz auf, die sich beiderseits dieser Endposition zehn oder zwanzig Basen weit erstreckt.

Schreiben Sie diese Nucleotidsequenz hier auf:
...TAATGGAA GTT TAACAAGATG...

Jetzt vergleichen Sie sie mit dem codierenden DNA-Abschnitt des Gens MG042:

...5'-atttgatcctatagatgttcatttaatggaagtt-3'
Der fettgedruckte Abschnitt entspricht genau dem linken Ende der abgerufenen Sequenz.
     Welche Aminosäure legt das letzte Codon des Gens MG042 fest? Valin.

     Wie lautet das nächste Codon in der DNA? TAA.

     Handelt es sich um ein Stopcodon? Ja.

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