Nachdem man die Geltaschen beladen hat, sschaltet man den Strom ein. Jetzt wandert die DNA zum Pluspol. In diesem Stadium kann man die DNA-Banden nicht sehen, aber anhand der (dunkelblauen) farbigen Markierung lässt sich der Ablauf der Elektrophorese verfolgen. Die kleinsten DNA-Fragmente laufen meist ebenso schnell wie der Farbstoff durch das Gel.
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